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Marque el o los paquetes de software que considera de interes para adquirir e instalar en Clementina2. Abajo puede agregar otro soft que no este listado y comentarios.
DESCRIPCION DE SOFTWARE Y APLICACIONES DISPONIBLES
La siguiente lista en su mayoria hace referencia a proyectos de universidades que en muchos casos el software esta disponible pero corresponde a versiones antiguas.Para cada caso hay que verificar la ultima version displonible . La gran mayoria de estos software al ser mantenidos por universidades no tiene costo se distribuyen con licencia GNU.
BIOLOGIA
De Oxford Molecular, para SGI. Calcula un índice de similaridad para moléculas sobre la base de su alineamiento, forma y propiedades. El índice se usa para mejorar alineamientos y como una métrica predictiva en QSAR.
De Oxford Molecular, para SGI. Produce, rápidamente, estructuras precisas en 3D a partir de descripciones en 2D como input
Herramientas de modelado inteligente
AutoDock
De Oxford Molecular, para SGI. Una serie de programas diseñados para predecir las conformaciones de contorno de un ligando flexible a un target molecular de estructura conocida, como una enzima o un ácido nucleico.
Anaconda
Oxford Molecular. SGI. Calcula propiedades superficiales de moléculas por la técnica de proyección gnomónica. Se utiliza para comparar y alinear las moléculas para QSAR 3D.
Chem-X for Unix/Open VMS, SGI.
Sistemas avanzados de modelado en 3-D para todos los tipos de estructuras moleculares, en particular biopolímeros; superposicionamiento de moléculas; relaciones de actividad-estructura y acceso completamente integrado a la tecnología.
Manejo de base de datos
PS SWAT
Para UNIX. Una versión paralela optimizada de SWAT que utiliza hardware convencional para acelerar el alineamiento de múltiples secuencias.
Iditis
Para SGI. Base de datos relacional de información de estructura 3D de proteínas utilizada en ingeniería de proteínas. Incluye la base de Brookhaven completa en un formato eficiente. La arquitectura Iditis permite agregar nuevos datos a la base.
QUÍMICA Y CIENCIA DE LOS MATERIALES
Cristal, Metal y Vidrio
Se lo puede emplear conjuntamente con dos programas interesantes de Biosym: Crystal Cell y Amorphous Cell para usarlos en el estudio de compuestos organometálicos y poliméricos.
Solid Adjustment (Biosym)
Se emplea para el estudio de estructuras cristalinas o de aglomerados para crear estructuras derivadas, para visualizar aspectos de esas estructuras y sus relaciones con la simetría cristalina, para determinar entornos de coordinación o poliedros.
Solids Simulation (Biosym)
Permite hacer simulaciones de cambios estructurales (minimización de energía de redes, determinación de fases y cambios de fases) y simulaciones físicoquímicas de sistemas iónicos (permite a los espectroscopistas el análisis de los espectros ópticos medidos, a los ceramistas determinar la influencia de los defectos en los sólidos y las movilidades iónicas, controlar los fenómenos de sinterizado), en estudios de catálisis permite explorar los efectos de la substitución química por cationes o determinar los sitios preferenciales donde se alojan los cationes.
CMMAO
(Concepción y Modelización Molecular Asistida por Computadoras) ISMANS
Se emplea en la creación (diseño) de materiales por computadora. Se ha utilizado en la obtención de materiales orgánicos con propiedades magnéticas (1998).
UNIFAC
(Lingley-Dinamarca/Univ. Dortmund Alemania)
Realiza cálculos de equilibrio de fases líquido-vapor y líquido-líquido para sistemas multicomponentes.
Los programas que se mencionan a continuación son más antiguos que los anteriores pero siguen usándose en sus versiones más modernas porque todavía constituyen una herramienta segura y confiable para los cálculos de propiedades de cristales perfectos y con defectos y se pueden deducir buenos modelos de potencial (éstos últimos con la limitación de ser empleados sólo para cristales iónicos y semi-iónicos). Han sido desarrollados por C. R. A. Catlow (Department of Chemistry, University College London, London WC, Gran Bretaña).
HADES
(Harnwell Automatic Defect Evaluation System)
Programa general para el cálculo de energía de defectos. El desarrollo original del programa se realizó para defectos cúbicos y, posteriormente, se amplió para ser usado en cualquier cristal con cualquier simetría.
PLUTO
(Perfect Lattice Unrestricted Testing Operation)
Realiza cálculos para energía de redes y propiedades elásticas y dieléctricas para redes perfectas especificadas. El programa puede emplearse también para el cálculo de curvas de dispersión de fonones.
CASCADE
Este programa es una fusión de técnicas de simulación de redes perfectas y con defectos (introducción de desorden mediante acción química: desviación de la composición estequiométrica o introducción de impurezas, por acción térmica: sometiendo el sólido a altas temperaturas y acción del daño por radiación) y fue diseñado especialmente para computadoras CRAY.
METAPOCS
(Minimisation of Energy Techniques Applies to the Prediction of Crystal Structures)
Este programa es una adaptación de las técnicas usadas en el PLUTO y permite que una interacción especificada de potenciales minimice la energía de la estructura en estudio con respecto a los parámetros estructurales. Hay dos versiones: METAPOCS (1) que ajusta las coordenadas atómicas dentro de una celda unitaria de dimensiones determinadas
METAPOCS (2)
que permite variar la celda unitaria además de las coordenadas atómicas.
MATEMÁTICA, ESTADÍSTICA Y SOFTWARE CIENTÍFICO
AXIOM
Es un sistema de álgebra computacional que brinda un entorno de cálculo para manipular y resolver fórmulas matemáticas. Sus aplicaciones cubren un rango amplio: matemática pura, física, química, biología, ingeniería, modelado de problemas financieros y criptografía.
BLACS (Basic Linear Algebra Communication Subprograms)
Es una interface para aplicaciones orientadas al álgebra lineal. Utilizando BLACS estas aplicaciones son más fáciles de programar en entornos de memoria distribuida. Consiste en un núcleo comparable a las rutinas BLAS (SciLIB) pero que corre sobre varias plataformas. ScaLAPACK y PARPACK son programas conocidos que usan BLACS.
DAGH
classes (Distributed Adaptive Grid Hierarchy)
Este paquete da un marco para la solución de sistemas de ecuaciones diferenciales parciales (PDEs) usando métodos adaptivos de diferencias finitas. Puede ejecutarse en forma secuencial o en paralelo. Contiene varios aspectos diferentes para refinamientos adaptivos de mallas como, por ejemplo, programas multigrillas, estimación de errores, interpolación, "clustering". Estos servicios están provistos por un conjuntos de bibliotecas de clase C++ que pueden correr sobre un sólo procesador o en paralelo.
AXIOM y PINEAPL
son rutinas NAG que se mencionan en forma separada en la lista de software.
PARPACK
ARPACK es una colección de subrutinas Fortran77 diseñadas para resolver grandes problemas de autovalores. Es adecuada tanto para matrices estructuradas como esparsas. PARPACK es la extensión de ARPACK para arquitecturas de memoria distribuida.
PETSc (Portable, Extensible Toolkit for Scientific Computation)
Es una serie de rutinas y estructura de datos para la solución (en un procesador o en paralelo) de problemas científicos de gran escala modelados por ecuaciones diferenciales parciales.
PINEAPL
(NAG, Parallel Industrial NumErical Applications and Portable Libraries)
Esta biblioteca es el resultado de un esfuerzo coordinado entre varios socios académicos e industriales y fue creada, como una extensión de la biblioteca NAG, para tratar aplicaciones industriales intensivas. Cubre las siguientes áreas: álgebra lineal; resolución de sistemas lineales simétricos y no simétricos; descomposición de dominios; precondicionadores; discretización y solución de PDEs; partición de mallas usando métodos de diferencias finitas, volúmenes finitos o elementos finitos (soporta distribuciones de datos regulares e irregulares); FFT para 1, 2 y 3 dimensiones; optimización lineal para problemas con y sin vínculos usando métodos quasi-newtonianos o programación cuadrática secuencial.
ScaLAPACK
Es una extensión paralela de LAPACK.
SPRNG
Es una biblioteca de generación aleatoria paralela "escalable". Consiste en un conjunto de subrutinas de generación de números "pseudo-random" y fue desarrollada para atender a los requerimientos de usuarios dedicados a simulaciones Monte Carlo.
ASTRONOMÍA
IRAF
Este es el soft que permite el tratamiento de las imágenes digitales adquiridas con detectores digitales en el rango ultravioleta, visual e infrarrojo. El IRAF permite el tratamiento completo de las imágenes, realizando la limpieza de las mismas por los defectos propios del detector, hasta el análisis de imágenes directas y espectroscópicas.
ATLAS
Este programa permite calcular atmósferas estelares en condiciones de equilibrio termodinámico local, es decir desacoplando las ecuaciones del campo de radiación de las que regulan la población de los niveles. El programa permite calcular atmósferas normales entre 30000 y 3000 grados de temperatura efectiva.
WIDTH
El Width permite calcular abundancias químicas en las atmósferas estelares a partir de los datos sobre las líneas espectrales de los elementos cuya abundancia se desea calcular. Utiliza la salida del ATLAS como dato sobre los parámetros atmosféricos de la estrella bajo consideración.
BALMER
El programa permite calcular los perfiles de las líneas de la serie de Balmer del Hidrógeno neutro.
SYNTHE
Permite calcular espectros sintéticos para luego ser comparados con los espectros observados.
MIDAS
Es el equivalente europeo del IRAF.
AIPS
Es el soft que permite reducir y analizar imágenes producidas por radiotelescopios. Es decir que es el equivalente del IRAF para imágenes radioastronómicas.
La siguiente lista nombra el software cientifico (full) mas utilizado en los equipos de alta capacidad de procesamiento de SGI
La siguiente lista es de software de Medio Ambiente :
Adicionalmente podemos nombrar el siguiente software , principalmente usado en Manufactura.
MSC Software
STAR - CD / CD ADAPTCO
RADIOSS
MECALOG
DESCRIPCION DE SOFTWARE RECOMENDADO POR DISCIPLINA
BIOLOGÍA
Paquete para estructura-actividad
Tsar
De Oxford Molecular, para SGI. Paquete QSAR completamente integrado para estructuras, propiedades y datos químicos en formato de hoja de cálculo.
TOPKAT Q-Stars
De Oxford Molecular, para SGI. Un servidor de toxicología computacional para utilizar con Tsar. Usa la misma tecnología que el TOPKAT, produce evaluaciones numéricas de toxicidad junto con una evaluación de la confiabiliad de la predicción.
AMBER 4.1 SYBYL /BASE de Tripos
Solid Builder (Biosym)
Herramienta fundamental para cristalógrafos y solidistas, en general, para construir estructuras cristalinas orgánicas e inorgánicas, metales y vidrios. Conviene adquirir las tres secciones principales: Cristal, Metal y Vidrio. Se lo puede emplear conjuntamente con dos programas interesantes de Biosym: Crystal Cell y Amorphous Cell para usarlos en el estudio de compuestos organometálicos y poliméricos.
GAUSSIAN 98
Este paquete de química cuántica realiza cálculos de Hartree- Fock. Puede determinar estructuras moleculares "ground-state", frecuencias y correcciones de correlación vía teoría de perturbación Moller-Plesset o interacción de configuraciones. La entrada a Gaussian es una matriz-z o coordenadas cartesianas. Este paquete puede realizar scf directas en Hartree-Fock y niveles MP2 post- Hartree-Fock.
CRYSTAL 95
Consiste en una serie de programas que calculan la estructura electrónica de sistemas periódicos, en uno, dos y tres dimensiones, tales como polímeros y cristales). Los cálculos de Hartree-Fock usan conjuntos base de s, p y d funciones Gaussian. Pueden especificarse como input todos los posibles grupos en 1, 2 y 3 dimensiones.
Characterize Insight II Cristal Cell
NMR Refine DGII , Accellrys
Cerius 2
Discover, Accellrys
Programa para cálculos de dinámica molecular y de mecánica molecular.
Insight II DelPhi , Accelrys
Cerius 2 DMol , Accelrys
Se trata de un método de densidad funcional que constituye una de las herramientas fundamentales para el diseño de materiales por computadora. Este paquete para química cuántica utiliza teoría funcional de densidad y aproximación de densidad local. Realiza optimizaciones de geometría y cálculos de frecuencia usando conjuntos de bases numéricas.
Cerius 2 Ludi , Accelrys
Cerius 2 ZINDO , Accelrys
Es un programa molecular-orbital semiempírico que es parametrizado para propiedades espectroscópicas de moléculas. Este método puede ser aplicado a una gran variedad de moléculas que incluyen compuestos orgánicos, inorgánicos, poliméricos y organometálicos. Aplicación de una variedad de modelos Hamiltonianos: INDO, CNDO, PPP y EHT.
MOPAC/AMPAC
Interface , Accelrys
Esta interface provee un control fácil de la simulación de parámetros para calcular cargas parciales, realiza optimización de geometría y calcula y dibuja orbitales moleculares y densidades electrónicas (métodos MNDO, MINDO/3, AM1 and PM3).
Complib
Es la Biblioteca Matemática de Silicon Graphics y consiste en un gran número de subrutinas de alta performance que dan soporte a las técnicas matemáticas y numéricas utilizadas en computación científica y técnica. SGI provee esta biblioteca.
CPLEX
Este sistema es un poderoso entorno de programación lineal que incluye algoritmos de optimización rápida y un conjunto completo de utilidades como soporte para la resolución de problemas de programación lineal.
IMSL
(International Mathematical and Statistical Libraries)
Es una biblioteca de subrutinas FORTRAN para matemática aplicada en general, estadística y funciones especiales. Parte de esta biblioteca ha sido vectorizada para la CRAY T-90, pero no toda. Muchos de sus procedimientos pueden realizarse en forma más eficiente con otro software como CSLIB y NAG.
Mathematica y Matlab
Son dos lenguajes para computación técnica que combinan computación numérica, gráfica avanzada y visualización y lenguajes de programación de alto nivel.
NAG
(Numerical Algorithms Group)
Es una biblioteca de subrutinas FORTRAN para matemática y estadística que incluye evaluaciones de funciones especiales. Consiste en una extensa colección de subroutinas, la mayoría de las cuales están optimizadas y vectorizadas.
Las rutinas disponibles cubren aritmética compleja, ceros de polinomios, raíces de ecuaciones trascendentes, suma de series, diferenciación e integración numérica, ecuaciones diferenciales ordinarias y parciales, ecuaciones integrales, interpolación, fitting de curvas y superficies, minimización y maximización de funciones. Hay rutinas para álgebra lineal básica y para operaciones matriciales, incluyendo inversión, autovalores, autovectores, determinantes, ecuaciones lineales simultáneas y ortogonalización. Las funciones especiales aproximadas incluyen funciones trigonométricas, hiperbólicas, elípticas y otras funciones integrales, funciones para análisis estadístico y funciones de Airy, Bessel, Hankel y Kelvin.
Tiene rutinas estadísticas para análisis de correlación y regresión, análisis de varianza, generadores de números al azar, estimación univariada, estadística no-paramétrica, análisis de tablas de contingencia y análisis de series temporales.
SciLIB
Es un paquete de rutinas matemáticas y científicas altamente optimizadas que forman parte de la biblioteca de default para el compilador CRI FORTRAN. Incluye las rutinas BLAS, EISPACK, LAPACK y LINPACK, que ofrecen la más alta performance porque están escritas lenguaje Cray Assembly. Las implementaciones EISPACK and LINPACK están incluidas en SciLIB pero escritas en FORTRAN.
El BLAS
Nivel 1 contiene rutinas para operaciones vectoriales básicas; incluyen el producto de un vector por una constante más otro vector, productos escalares, normas euclidianas, transformaciones, sumas de valores absolutos. El BLAS nivel 2 (BLAS2) contiene rutinas para operaciones entre vectores y matrices: multiplicación, actualización de rangos y solución de sistemas triangulares. El BLAS nivel 3 (BLAS3) contiene rutinas para operaciones entre matrices: multiplicación, actualización de rangos y solución de sistemas triangulares con lados positivos múltiples.
EISPACK
Es un paquete de rutinas FORTRAN para resolver problemas de autovalores y calcular y usar descomposiciones en valores singulares. LINPACK es un paquete para resolver sistemas de ecuaciones lineales. LAPACK es una biblioteca de subrutinas FORTRAN para ecuaciones lineales algebraicas simultáneas, problemas lineales de mínimos cuadrados y problemas matriciales de autovalores; está basada en EISPACK y LINPACK con capacidad "multitasking".
SCSL
La biblioteca SGI/Cray Scientific Library (SCSL) contiene rutinas que cubren el procesamiento de señales (FFT), BLAS y LAPACK.
INVESTIGACIÓN ESPACIAL
IDL
Research System Inc. (USA)
Incluido también en el software recomendado para Física de Fluidos, tiene una herramienta ya desarrollada asociada, de procesamiento y visualización, que se llama ENVI.
ENVI
Este software tiene sus propias rutinas de calculo estadístico y gráfico, aparte de las librerías matemáticas, y se utiliza actualmente para desarrollar aplicaciones sofisticadas de análisis y procesamiento de información. Mencionamos, por ejemplo dos casos específicos de interés: la NASA (USA) ha desarrollado en este lenguaje todo el software de procesamiento de la información de uno de sus últimos satélites y la Agencia Espacial Alemana lo está utilizando para desarrollar soft de reconocimiento de patrones con lógica difusa.
PCI
Geomatics (Canadá)
Ha desarrollado un sistema de soft de procesamiento con varios subsistemas para diferentes aplicaciones de procesamiento y análisis de archivos de datos de gran tamaño aptos, en particular, para procesamiento de información espacial; incluye también interferometría radar.
ERDAS
Imagine (USA)
Software de procesamiento de información espacial muy difundido en todo el mundo, especialmente apto para información de sensores ópticos y generación de sistemas de información geográfica.
ACS
(Italia)
Software muy bueno para el procesamiento de información óptica y radar, se continua su desarrollo y tiene buena actualización.
Estos son los softwares comerciales mas notables. Aparte de ellos, las siguientes instituciones tienen software interesante de simulación de procesos e interpretación de resultados:
CNES
(Centre National d´Etudes Spatiales, Francia).
Ha desarrollado varias herramientas importantes para el análisis y procesamiento de información;
ESA
(Agencia Espacial Europea), NASA y NOAA de EEUU, y el INPE de Brasil
También tienen buenas herramientas para análisis de datos.
FÍSICA DE FLUIDOS, INGENIERÍA Y MECÁNICA COMPUTACIONAL
IDL 4GL
(The Interactive Data Language)
Paquete para análisis de datos y visualización desarrollado por Research Systems, Inc. IDL es un lenguaje de avanzada de cuarta generación, adecuado para el análisis de datos, visualización y desarrollo de aplicaciones "cross-platform". Combina todas las herramientas necesarias para cualquier tipo de proyecto, desde "quick-look," análisis interactivo hasta proyectos de programación comercial en gran escala, en un entorno completamente extensible y con facilidades de uso. IDL se utiliza para construir aplicaciones de visualización en ciencias, medicina, finanzas, ingeniería y análisis de datos.
FLOW-3D
Es un conjunto de programas para el análisis de fenómenos de fluidodinámica y transferencia de calor. Resuelve una amplia variedad de problemas de fluidodinámica en 3D. Fue diseñado para analizar fenómenos hidráulicos y térmicos transientes y puede manejar contornos físicos complejos y superficies libres. Es adecuado para flujos tanto compresibles como incompresibles. Consiste en un preprocesador, un solver, un post procesador y una interface gráfica.
FLUENT 5.0
Desarrollado por Fluent (USA) para el análisis de flujos complejos, desde incompresibles (subsónicos), pasando por medianamente compresibles (transónicos), hasta altamente compresibles (supersónicos e hipersónicos). Incluye predicción de regímenes laminar, transicional y turbulento, varios modos de transferencia de calor, reacciones químicas, flujos multifásicos y otros fenómenos.
FIDAP 8.0
Desarrollado por Fluent (USA). Es un software de propósito general para flujos incompresibles y compresibles, incluyendo transferencia de calor, flujos a superficie libre, fluidos no newtonianos, flujos con convección natural, fuerzas electromagnéticas, reacciones químicas y radiación. Integra la construcción del modelo, la generación de la malla, la entrada de datos, la solución y el posprocesamiento.
ABAQUS
Está diseñado específicamente para satisfacer a las necesidades del análisis estructural avanzado. Las aplicaciones más novedosas de este tipo involucran el análisis y la simulación de grandes modelos lineales o de grandes modelos con respuestas altamente no lineales.
ANSYS
Es un programa general de elementos finitos para análisis de ingeniería que permite un amplio rango de tipos de análisis, incluyendo estático, magnético y transferencia de calor dinámica.
CFX-4 & CFX-5
Este software de ingeniería de fluidos es una herramienta de análisis con orientación CAD para la predicción de flujos de fluidos y procesos de transferencia de calor. Consiste en una mezcla de herramientas poderosas que incluyen acceso CAD directo, herramientas de creación geométrica altamente automatizadas, estructura multibloque, mallas deslizantes y modelos avanzados para turbulencia, combustión, radiación y flujos multifase.
HEXAR
Es un paquete de software de aplicación de generación automática de mallas desarrollado por Cray Research Inc. Consiste en un conjunto de programas que pueden cambiar archivos de descripción de superficies de objetos diseñados por computadora (CAD) en mallas formadas por volúmenes en forma de hexaedros. Genera mallas de geometrías no estructuradas que son adecuadas para utilizarse en muchos programas de análisis de elementos finitos (FEA) y de fluidodinámica computacional (CFD). Acelera el proceso de generación de las mallas eliminando la mayor parte del trabajo "manual" asociado con los métodos tradicionales.
PANDORA
Permite calcular atmósferas estelares desde un punto de vista físico más general que el Atlas. No requiere LTE y utiliza las condiciones de equilibrio estadístico para el cálculo de población de los niveles, donde también interviene el campo de radiación.
Agregue aqui otro software que no este en la lista y con el que le gustaria contar en Clementina2 y/o sus comentarios:
